Les travaux de Roger Salamon portent sur l’épidémiologie et la biostatistique. Il cherche à répondre aux principaux problèmes de santé, dans le souci d’améliorer la connaissance et de permettre la mise en place d’actions efficaces de suivi et/ou de prévention. Il vise également à appréhender des problèmes de santé aussi bien dans les pays occidentaux, que dans les pays du Sud. Ses actions ont été menées en développant une équipe et en s’entourant d’élèves et de collaborateurs du meilleur niveau, dans le souci de ne pas dissocier la formation et la recherche.
Dans cet esprit, dès 1990 à la création à Bordeaux de l’unité Inserm 330 dont il a été le directeur, il s'est axé sur :
- Le vieillissement normal et pathologique, avec des travaux sur la maladie d’Alzheimer, ses signes précoces, la mise en place de la première cohorte en ce domaine (PAQUID) et la formation du futur responsable de ce thème, Jean-François Dartigues.
- L’infection par le VIH, avec la mise en place en France d’une cohorte hospitalière très riche (le GECSA), qui a permis le développement d’une recherche clinique de qualité et la formation de futurs responsables (François Dabis, Geneviève Chêne, Philippe Morlat). En Afrique, la mise en place d’un projet ambitieux à Abidjan, avec un soutien important de l’Agence nationale de recherche sur le sida (Anrs), a conduit, après de longues années, à la création d’un laboratoire associé à l'Inserm et à la formation de nombreux chercheurs ivoiriens et français, dont Xavier Anglaret est aujourd’hui le responsable.
- Un travail méthodologique, essentiellement en biostatistique, qui a permis de créer une équipe de très forte réputation, sous la responsabilité de Daniel Commenges. Les recherches portent notamment sur la statistique utilisée pour les études de cohortes.
Roger Salamon est actuellement président du Haut conseil de la santé publique, une instance chargée d'apporter une aide à la décision au ministre de la Santé, en réalisant des rapports sur la santé en France et en formulant des recommandations.