Dans les années 1990, les efforts de l’Inserm portent sur une meilleure prise en charge de la recherche clinique, avec la poursuite des postes d’accueil de formation par la recherche pour des internes et des médecins en spécialités médicales, l’intensification de réseaux spécifiques et l’instauration des contrats nationaux d'études pilotes (CNEP). Sous l’égide du ministère de la Santé, la recherche clinique hospitalière voit décupler ses moyens. L’Inserm signe sept conventions avec les hôpitaux et crée les centres d'investigation clinique (CIC). En concertation avec la délégation à la Recherche clinique, mise en place en 1990 par l’Assistance publique – hôpitaux de Paris (AP-HP), une commission spécialisée des postes d’accueil pour internes et chefs de clinique est mise en place.
L’année 1992 voit la création des instituts fédératifs de recherche (IFR) qui regroupent, autour d'une stratégie scientifique commune et sur un même lieu géographique ou en réseau, des laboratoires et des équipes relevant des instituts de recherche, des hôpitaux et des universités.
Cette politique de développement d’une recherche clinique de très haut niveau, qui implique un maillage très étroit entre la biologie, la génétique moléculaire, la recherche médicale et en santé, sera renforcée par les successeurs de Philippe Lazar, deux hospitalo-universitaires originaires de l’hôpital Necker-Enfants malades, Claude Griscelli (1996 – 2001) et Christian Bréchot (2001 - 2007).